青島市國稅局稽查局於1995年9月正式成立。2001年3月份，根據國家稅務總局關於深化稅收征管改革、機構改革和人事制度改革的指示精神，成立了新的青島市國稅局稽查局。2003年3月，稽查局升格為副局級單位，並調整了內設機構，下設7個處和2個派出分局，設立綜合管理處、案源管理處（舉報中心）、檢查壹處、檢查二處、檢查三處（涉外稅收檢查處）、檢查四處（大要案檢查處）、案件審理處、壹分局、二分局，壹級稽查體制得到進壹步完善。