為了保護祁連山地區的生態環境，國家於1988建立了“祁連山國家級自然保護區”。它是甘肅省最大的森林生態系統和野生動物保護區，位於甘肅、青海兩省交界處，東起烏鞘嶺松山，西至黨金山口，北與河西走廊接壤，南接柴達木盆地。橫跨天祝、肅南、古浪、涼州、永昌、山丹、民樂、贛州等8個縣(區)。保護站22個，護林站(點)155個，木材檢查站3個，森林公安局1個，森林派出所21個，全區林業從業人員1466人。面積272.2萬公頃，有林地60.7萬公頃。高等植物1044種，陸生脊椎動物229種，森林覆蓋率21.3%。中國共有冰川2194條，儲量615億立方米。是我國西北地區重要的水源涵養林區，常年保持和調整。