明清時期，明朝中央政府設立戶部，直屬皇帝。當初這個部門下面有四個官方通關部門，分別是人民部、支出部、財務部、倉庫部。後來又有十三個官清司，掌管各省稅收。每個官方部門由四個部門組成:民政、稅務、財政和倉庫。金科主管漁、鹽、稅等國家工商稅收，倉庫司主管兩稅的發運和保管。清初，戶部掌管國家財政，下設14個清官署，分別掌管民稅、各倉鹽課、各省關稅和雜稅。光緒三十二年(1906)，戶部改名為度科，下設田賦、稅等十科，中央稅務機構已接近完善。
地方稅務機構在中國古代，地方稅收多由地方官員管理。秦漢實行縣制，縣級有少府、虎草、滄草。
漢代在全國各地設置鹽官，在產鐵地區設置鐵官，管理鹽鐵專賣或收稅；實業官管東西征稅，水利官收漁稅。在縣壹級，設置戶部曹和，管理農民的農業稅、桑稅、鹽稅和鐵稅。在鄉壹級，有吝嗇鬼和鄉助，負責具體收稅。