民國初期，粵海關組織機構的設置無大的變化，計有總務課、秘書課、會計課、統計課、監查課、驗查課及常關辦公室。民國26年3月機構調整後設有總務、文書、會計、統計、驗估、監察（稽查）、港務等課。 民國30年12月至民國34年9月，粵海關被日本侵略軍控制，接受上海偽總稅務司領導，當時機構改為總務、秘書、會計、港務等科和江（門）寶（安）澳（門）支所及海港檢疫所。 民國34年9月20日，重慶總稅務司署派員接收偽粵海關後，全面整頓機構，恢復關務。設置了正、副稅務辦公室和總務、秘書、會計、緝私、驗估、監察、港務等課，還設有收稅處、驗貨廠。 民國38年10月廣州解放前夕，粵海關機構較齊全。稅務司、常務稅務司、常務副稅務司、緝私副稅務司、各監察長、港務長均設有辦公室，還設有秘書、總務、驗估、會計、緝私、監察（稽查）、港務等課和收稅處、化驗室。民國36年8月1日，廣西梧州關改歸粵海關管轄，稱梧州支關。民國38年1月，改稱粵海關梧州分關。
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