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農業專業合作社可以申請免征所得稅，如合作社發生免稅收入需要，則在提交相關資料經主管稅務機關批準後。對於銷售自產的農產品增值稅是免征的。核定是對於企業的稅種和稅率的確定，而免稅是對該農業收入的免稅
農業專業合作社要做資產負債表，稅務局壹般是按增值稅小規模納稅人給農業專業合作社核定的。辦理了稅務登記證，就要按時申報各項稅金。