清康熙二十三年(1684年)在三都設稅務口岸，道光三十六年(1846年)，英國人在三都港測繪海圖，光緒二十四年(1898年)三沙灣辟為商港，三都島為對外通商口岸，次年，設“福海關”。當時，英、法、美、德、日等13個國家21家公司，在三都島設子公司或商行，占地劃界，建碼頭、倉庫、教堂等(美孚、德士古石油公司在黃灣和港口建專用碼頭，抗日戰爭中毀廢)。光緒二十七年(1901年)，在海關附近建壹小輪碼頭，後被臺風所毀。
三都港西北沿霍童溪可通周寧、松溪、政和;西經虎浿達屏南、古田、建甌;西南過飛鸞入羅源;北越白馬門，抵達賽岐、福安;東北經鹽田通霞浦。三都與南岸礁頭通輪渡，經飛礁公路接國道北福線。船出東沖口，水天壹色渺無涯畔，南北暢通。抗日戰爭前，三都是閩東地區物資吞吐的主要港口。1984年，經福建省人民政府批準，辟為國輪進口大宗物資的接卸地。