山東省國家稅務局內設16個內設機構，級別為正處級；另設機關黨委辦公室、離退休幹部管理辦公室。 山東省國家稅務局下轄濟南市國家稅務局副省級城市局和淄博市國家稅務局、棗莊市國家稅務局、東營國家稅務局、煙臺國家稅務局、濰坊國家稅務局、濟寧國家稅務局、泰安國家稅務局、威海國家稅務局、日照國家稅務局、萊蕪國家稅務局、濱州國家稅務局、德州國家稅務局、聊城國家稅務局、臨沂國家稅務局、菏澤國家稅務局等十五個地市局.
以及山東稅務幹部學校。