1.如果是生產企業，妳公司2009年開始出口業務，但沒有註明從哪個月開始。根據1999年12月15日文件的規定200551國家稅務總局發布，無出口經營資格的生產企業委托出口本企業生產的產品(包括視同自產的產品)，應在簽訂代理出口協議之日起30日內，填寫《出口貨物退(免)稅確認書》及相關信息。超過鑒定期限的，予以處罰。
同時，以前未認定的出口業務，超過規定的退稅申報期限(自貨物報關出口之日起90日內)的，視同內銷征稅。
2.如果妳是外貿企業，不具備出口經營資格，那麽妳代理出口的貨物就應該作為內銷征稅。
因此，稅務機關可能要檢查妳公司國內外出口業務的真實性，以及出口業務是否按規定納稅。