上海海關學院是經教育部批準的全日制普通高等院校，直屬中華人民共和國海關總署。是為學士學位授予單位培養碩士研究生的試點單位，是國家培養特殊需要人才的項目。
首批入選上海市高校壹流本科建設引領計劃和上海市高校壹流研究生教育引領計劃。
中國海關高等教育始於1908年清政府在北京創辦稅務學堂(後更名為稅務學堂並遷至上海)，是世界上最早從事海關高等職業教育的學校之壹。上海海關學院前身是成立於1953的上海海關學校。
1980經國務院批準，升格為上海海關學院；1996更名為上海海關學院。2007年3月，教育部批準在上海海關學院的基礎上成立上海海關學院。
2020年2月學校官網顯示，學校專任教師151人，其中教授16人，副教授48人，具有高級專業技術職務的教師比例為42.4%。擁有博士學位的教師65人，擁有碩士學位的教師71人，研究生學歷的教師比例為90.1%。上海市“曙光計劃”學者1人，財政部產業經濟學跨世紀學術帶頭人1人。