首先，根據《中華人民共和國增值稅法》規定，農產品生產銷售免征增值稅，但農產品生產者和銷售者可以選擇納稅人身份，納稅人身份下的農產品生產銷售活動應當照章繳納增值稅。
其次，對於農業合作社開具的增值稅普通發票，根據稅收政策，稅率為3%。但對於小規模納稅人，可以選擇享受簡易計稅方法，即按照1%的銷售額計稅。
因此，如果上海農合是小規模納稅人，可以選擇按照1%的銷售額征稅。如果不是小規模納稅人，按照增值稅法規定的3%的稅率征收稅款。
說明:根據稅收政策，農產品生產和銷售免征增值稅，但妳可以選擇在納稅人身份下繳納增值稅。農業合作社開具的增值稅普通發票，稅率為3%。但小規模納稅人可以享受簡易計稅方法，即按照銷售額的1%計稅。
擴圍:小規模納稅人除了按照1%的銷售額征稅外，還可以選擇按照銷售額的3%或者按照銷售額與進項稅的差額征稅。另外，對於農產品的生產者和銷售者，也可以選擇農產品增值稅的優惠政策，具體可以咨詢當地稅務機關。