上饒市國家稅務局為正處級的全職能局。
設12個內設機構（正科級）：
辦公室、政策法規科、貨物和勞務稅科、所得稅科、收入核算科、納稅服務科、征收管理科、財務管理科、人事科、教育科、監察室、國際稅務進出口稅收管理科，另設機關黨委辦公室、離退休幹部科，級別均為正科級。
設置直屬機構3個：
稽查局級別為副處級，車輛購置稅征收管理分局和直屬稅務分局級別為正科級。
設置事業單位3個：
信息中心、機關服務中心、票證中心，級別均為正科級。
全市按照縣、縣級市、地級市區行政區劃及經濟開發區等***設置全職能局13個：
上饒市信州區國家稅務局
上饒市經濟開發區國家稅務局
上饒縣國家稅務局
玉山縣國家稅務局
廣豐縣國家稅務局
鉛山縣國家稅務局
橫峰縣國家稅務局
弋陽縣國家稅務局
德興市國家稅務局
婺源縣國家稅務局
萬年縣國家稅務局
余幹縣國家稅務局
鄱陽縣國家稅務局局