稽查局負責年度計劃中確定的重點稅源企業和稅收違法案件的調查、審理和執行；負責檢查和案例選擇；組織實施稅務檢查規章制度，制定具體實施辦法；負責稅務案件報告的受理和傳遞；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查司法工作；負責金稅工程發票的調查；負責領導組織稅收專項檢查。
上虞國稅局稽查局級別為正股級，內設6個機構，統壹設置為綜合股(舉報中心)、稽查壹股、稽查二股、稽查三股、調查股、審判股。稽查局原領導的崗位級別保留，未來新領導的崗位級別應與機構級別壹致。