1.選案。主要通過采用計算機選案分析系統進行篩選，采取人工歸集分類、比例選擇或隨機抽樣進行篩選，根據公民舉報、上級交辦、有關部門轉辦、交叉協查、情報交換等資料確定檢查對象三種方式。其中，涉稅舉報是查處涉稅違法案件重要來源之壹。
2.檢查。稅務檢查機構壹般應提前以書面形式通知被查對象，向被查的單位和個人下達《稅務檢查通知書》，告知其檢查時間、需要準備的資料、情況等，但有下列情況不得事先通知：公民舉報有稅收違法行為的；稽查機關有根據認為納稅人有違法行為的；預先通知有礙稽查的。稅務人員在檢查過程中，應依照法定權限和程序向被查對象、證人及利害關系人了解情況，提取和索取物證、書證，進行實物或實地檢查等。
3.審理。在實施檢查完畢的基礎上，由稅務機關專門組織或人員核準案件事實，審查鑒別證據、分析認定案件性質，作出處理決定。對數額較大、情節復雜或征納雙方爭議較大的重大案件，稅務檢查機構及時提請所屬稅務機關的重大稅務案件審理委員會進行集體審理，確保案件定性和處理的準確、適當。
4.執行。稅務檢查事項完畢後，稅務部門應及時將《稅務處理決定書》送達納稅人，並督促被查對象將查補稅款、滯納金及罰款及時、足額繳入國庫。