根據《中華人民共和國國家稅務總局關於退稅抵扣欠稅有關問題的通知》(國稅發〔2002〕150號)，當抵扣的退稅款和欠稅款屬於不同預算項目時，應作為退稅處理，按以下方式處理:實際抵扣時，由縣級以上稅務機關會計部門根據《退稅抵扣欠稅款通知書》填列。
也就是說，稅務局要受理申請，計算核對退稅金額，然後調庫，多退少補。