其中，特區內設置了羅湖、福田、南山、鹽田4個區地方稅務局和保稅區地方稅務局、蛇口地方稅務局，稽查局及第壹、二、三稽查局；特區外設置了寶安、龍崗區地方稅務局，第四、五稽查局；2007年，成立了稅源管理局和納稅服務局。分別負責稅源分析、管理、納稅評估和納稅服務管理工作；2009年底，依據征管法和《深圳市人民政府辦公廳關於印發市政府工作部門主要職責內設機構和人員編制規定的通知》（深府辦〔2009〕100號）規定，設立了光明新區地方稅務局和坪山新區地方稅務局。
深圳市地方稅務局***有正式幹部職工2239人，其中，大專學歷574人，占總人數的25.6%；本科學歷1166人，占總人數的60%；研究生學歷274人，占總人數的12.2%；黨員1748人，占總人數的78.1%。