深圳市國家稅務局成立於1994年9月28日。根據國家分稅制改革安排部署，原深圳市稅務局分設為“深圳市國家稅務局”和“深圳市地方稅務局”。深圳市國家稅務局（以下簡稱“深圳市國稅局”）是深圳市主管國家稅收工作的職能部門，為正廳級全職能局。
1994年9月28日，按照中央政府的部署，原深圳市稅務局分設為“深圳市國家稅務局”和“深圳市地方稅務局”。經過歷次機構改革，當前深圳市國家稅務局內設16個行政處（室）、4個直屬機構、5個事業機構，下轄9個正處級全職能區局。即羅湖區局、福田區局、南山區局、鹽田區局、寶安區局、龍崗區局、光明新區局、坪山新區局、蛇口國稅局。寶安、龍崗區局下設11個非全職能稅務局，除鹽田區局、光明新區局、坪山新區局外，其他六個區局均設有副處級稽查局。