1、編碼不同
普通發票分類代碼（以下簡稱分類代碼）為12位阿拉伯數字。從左至右排列：第1位為國家稅務局、地方稅務局代碼，1為國家稅務局、2為地方稅務局，0為總局。第2、3、4、5位為地區代碼(地、市級)，以全國行政區域統壹代碼為準，總局為0000。
而普通發票號碼為8位阿拉伯數字。如發票號碼資源不夠用，在設計時應考慮與分類代碼結合，即在分類代碼的第9、10、11、12位中設置1位為批次代碼。
2、在發票的部位不同
發票代碼顯示在發標的左上方，發票號碼在發票的右上方。
3、編碼部門不同
發票號碼由國家工商局統壹編號，而發票代碼是稅務部門給予發票的編碼。在查詢發票真偽的時候，需要輸入發票代碼。
百度百科-發票代碼
百度百科-發票號碼