涉外稅務審計的根本目的在於依據國家稅收法律、法規監控納稅人依法履行納稅義務、扣繳義務情況，查處稅收違法行為，加強稅收管理和控制，同時保障稅收收入，維護稅收秩序，促進依法納稅，保證稅法實施以及保護國家權益。
涉外稅務審計有利於提升涉外稅收管理水平、規範涉外稅收執法行為，也有利於實現深層次的納稅服務以及填補涉外稅收征管漏洞。