1、退稅額計算基數不同
生產企業要先采購原材料或半成品，後經過壹系列加工才能形成可銷售的產品，在現實生活中，稅務機關很難核查內外銷原材料的比例，因此是以包含成本價和毛利潤之和的計稅價為基數進行計算。
而外貿企業主要業務是采購產品直接出口，稅務機關能容易的區分內外銷比例，所以僅使用商品進價為基數進行計算，由於基數的大小不同，兩種企業的進項稅轉出額不等，即生產企業出口同樣產品所獲得出口退稅額將小於外貿企業所獲得的出口退稅額。
2、進料加工出口退稅的差異
在進料加工方式下，生產企業同樣適用“免抵退”方法。生產企業從國外進口原材料用於加工後出口，進項稅額轉出是出口產品價格減去進口材料價格乘以征退稅率的差。而對於外貿企業來說，由於進料加工跟壹般貿易出口沒有差別，退稅額等於國內購進材料價格加加工費後乘以出口退稅率。
3、退稅計算的方式不同
生產企業出口貨物增值稅“免、抵、退”稅額的計稅依據及計算方法，而外貿企業實行的是“先征後退”計算方法。收購出口貨物先行征收，出口後憑增值稅專用發票上註明的金額，作為申報退稅的依據，辦理退稅，其計算的征、退稅之間產生的差額計入成本。
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