兵團第十二師前身是烏魯木齊市西郊農場管理處，成立於6月1964，隸屬自治區農墾部門。1982年4月，接受兵團和烏魯木齊雙重領導，更名為新疆生產建設兵團烏魯木齊農場管理局；2000年6月，更名為新疆生產建設兵團農建十二師。2001年2月，完全轉入兵團系統管理序列；2012 12 2月，正式更名為新疆生產建設兵團第十二師。
全師前身為烏魯木齊農場管理局，下轄七個農場:104團、五壹農場、三平農場、頭屯河農場、西山農場、221團、222團。除221團位於吐魯番市，222團位於昌吉州阜康市外，其余5個團呈扇形包圍烏魯木齊市西南和北部，是烏魯木齊實施南控、北擴、東延、西進的重要戰略地帶。也是烏魯木齊市現代服務業集聚區和城市功能優化區，總面積超過2933平方公裏。
新疆生產建設兵團第十二師的沙漠動物主要有沙鼠、跳鼠、鵝喉羚、沙狐、狼等動物。河湖動物主要有灰雁、綠頭鴨、黑鸛等動物；森林草原居住者主要有馬鹿、野豬、棕熊、灰旱獺、貂、野兔等動物；高原寒漠動物主要有山羊、雪豹、高山雪雞等動物。