事業編和公務員區別在於經費來源不壹樣：公務員是行政編制，財政全額撥款。事業編制分三種，財政全額撥款，差額撥款，自收自支。
待遇、地位不壹樣：這點在很多地方都有體現，在體制內的行政或事業單位中，行政編制地位最高、待遇最好，這裏所說的待遇包括工資、福利、升遷機會。而稀缺程度也是依次遞減，行政編制最少、最稀缺，事業編制多。這兩種編制很占資源。所以國家嚴格限制其數量。
職能職責不同：理論上，公務員是”依法行政“的；而事業單位的全稱是公益性事業單位，部分事業單位也有公***服務、行政的只能，部分其實是企業行政的，鑒於此事業編制也是這些職能。