1、登錄自然人電子稅務局扣繳端，選擇“個人所得稅”板塊，進入“收入信息管理”頁面。
2、在“收入信息管理”頁面中，找到已註銷的事業單位相關信息，點擊“刪除”按鈕，將其從電子稅務局扣繳端中刪除。
3、如果該事業單位曾經發放過工資、勞務報酬等所得，需要在電子稅務局扣繳端中下載該單位的個人所得稅完稅證明，以備後續需要。