水利建設基金屬於附加稅，在營業稅及附加科目核算:營業稅及附加——水利基金貸:應交稅費——水利基金。。繳納增值稅的企業、事業單位和個體工商戶，由國家稅務機關代征水利建設基金。繳納營業稅的非銀行金融機構、旅遊、交通運輸、建築安裝、文化體育、娛樂、餐飲等服務業企業和個體工商戶，其繳納的水利建設基金由地方稅務機關負責征收。對同時繳納增值稅和營業稅的企業，其繳納的水利建設基金由國稅部門和地稅部門分別按照增值稅和營業稅的生產經營收入計算征收。同時繳納增值稅和營業稅的個體工商戶由國稅部門負責征收。
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