根據《中華人民共和國國家稅務總局關於修訂發布的公告》，自06年5月16日至06年5月1日，增值稅壹般納稅人提供貨物運輸服務，使用增值稅專用發票和貨物運輸普通發票。其中，貨物運輸增值稅專用發票適用於從事貨物運輸服務的壹般納稅人。因此，水上貨運代理可以根據需要開具貨物運輸增值稅專用發票。
需要註意的是，開具貨物運輸業增值稅專用發票時，應提供以下信息:
1.承運人和納稅人識別號；
2.發貨人和納稅人的識別號碼；
3.收貨人和納稅人的識別號；
4.運輸車輛編號；
5.運輸起點和終點；
6.運輸貨物信息；
7.承運人所屬運輸行業的分類；
8.運費金額；
9.其他相關信息。
此外，貨物運輸業增值稅專用發票應加蓋財務專用章和發票專用章。