企業應定期全面、系統、持續地收集內部和外部相關信息，結合實際情況，通過風險識別、風險分析、風險評價等步驟，查找企業經營活動及其業務流程中的稅務風險，分析和描述風險發生的可能性和條件，評價風險對企業實現稅務管理目標的影響程度，從而確定風險管理的優先順序和策略。
壹般而言，企業應結合自身稅務風險管理機制和實際經營情況，重點識別下列稅務風險因素：
1. 董事會、監事會等企業治理層以及管理層的稅收遵從意識和對待稅務風險的態度;
2. 涉稅業務人員的職業操守和專業勝任能力;
3. 企業組織機構、經營方式和業務流程;
4. 稅務管理的技術投入和信息技術的運用;
5. 企業財務狀況、經營成果及現金流情況;
6. 企業相關內部控制制度的涉及和執行;
7. 企業面臨的經濟形勢、產業政策、市場競爭及行業慣例;
8. 企業對法律法規和監管要求的遵從;
9. 其他有關風險因素。
稅務風險識別和評價由企業稅務部門協同相關職能部門實施，也可聘請具有相關資質和專業能力的中介機構協助實施，對稅務風險實行動態管理，及時識別和評估原有風險的變化情況以及新產生的稅務風險。