1、核算的原則不同
財務會計中，權責發生制是其進行核算的壹個最基本的原則。權責發生制強調收入費用的配比，即壹定期限內的收入、成本均應在財務核算中體現，並且出現在損益表中，無論收入是否真的在期限內入賬，成本在期限內真的支出。而稅務會計更重視的收付的實現，稅法的是國家稅收來源的依據，嚴謹是其壹個主要的特點，因此以最終的收付作為實際的成本費用。
2、收支等會計要素的內涵不同
財務會計中，收入的要素定義為收入是指企業在日常活動中所形成的、會導致所有者權益增加的、與所有者投入資本無關的經濟利益的總流入，包括銷售商品收入、勞務收入、讓渡資產使用權收入、利息收入、租金收入、股利收入等。然而在稅務會計中，除了上述規定外，還包括大量的視同銷售。
3、目標不同
財務會計核算的反映企業經營情況的貨幣活動，通過財務會計可以得出企業本年度內的生產經營情況。稅務會計則是通過以稅法為依據，衡量企業在經營範圍期間需要繳納的稅費，應當承擔的納稅義務。