會。根據查詢《稅務稽查工作規程》第四十條,檢查過程中,檢查人員應當制作《稅務稽查工作底稿》,記錄案件事實,歸集相關證據材料,並簽字、註明日期。根據法律規定對其進行處理處罰,案件本身事實清楚證據充分的話,納稅人不在底稿上簽字,並不影響對案件的處理。《稅務稽查工作底稿》的作用在於“記錄案件事實,歸集相關證據材料”,底稿是串聯案件證據的資料,使案卷脈絡清晰便於審理,而案件定性以及稅款計算等,最終取決於稽查員收集到的各種證據資料(賬冊、憑證、合同、單據等等),納稅人是否在底稿上簽字,並不影響對案件的處理。
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