對查補的增值稅的賬務處理，可參照《國家稅務總局關於增值稅壹般納稅人發生偷稅行為如何確定偷稅數額和補稅罰款的通知》(國稅發[1998]66號)及《國家稅務總局關於印發(增值稅日常稽查辦法)的通知》(國稅發[1998]44號)的有關規定進行處理。
《國家稅務總局關於印發(增值稅日常稽查辦法)的通知》(國稅發[1998]44號)規定：增值稅檢查調帳方法：增值稅檢查後的帳務調整，應設立“應交稅金，增值稅檢查調整”專門帳戶。凡檢查後應調減帳面進項稅額或調增銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記有關科目，貸記“應交稅金-增值稅檢查調整”；凡檢查後應調增帳面進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記“應交稅金-增值稅檢查調整”貸記有關科目;全部調帳事項入帳後，應結出本帳戶的余額，並對該余額進行處理。