1、執法職能：稅務稽查局具有執法權力，可以進行調查取證、審計和查處涉嫌逃稅、偷稅漏稅、虛開發票違法行為，追繳相應的稅款和罰款；而稅務局不具備直接的執法權力，主要負責納稅人的征管和稅收政策執行。
2、調查手段：稅務稽查局通過各種調查手段，如審計、調查取證、查賬對納稅人進行核實和審核；稅務局主要通過納稅申報表的審核、稅收數據管理和納稅信息統計等手段來管理納稅人。
3、業務範圍：稅務稽查局主要關註涉及違法違規行為的納稅人，重點是發現和查處違法行為；稅務局負責管理所有納稅人的稅收事務，包括征收、登記、政策執行。