1、稽查到漏稅和發票虛開：如果稽查下達的文書明文說明是“漏稅和發票虛開”，此種情況下查補稅款據稅法規定不能作為預繳稅款；申報表中只能反映在查補銷售和查補應繳稅款處；
財務處理可以通過設立“增值稅檢查調整”項目單獨核算，如果是跨年業務，罰款通過“其他應交款”反映上繳，“以前年度損益調整”調整“未分配利潤”；
2、如果稅務稽查，稽查下達的文書沒有明文說明屬“漏稅和發票虛開”行為，情況屬督促企業及時確認收入和應納稅，相關“罰款和補稅”全部作為“預繳稅款”的情況，表明稅局想讓貴司及時調整前期非法業務，貴司要及時改正“前期漏稅未開具發票補開發票，虛開的發票及時沖紅等 行為”。據此，因稽查作為“預繳稅款”的款項繳納後在“國稅系統”中反映為“預繳”，則可以抵扣後期應繳稅金，申報表按正常業務申報；如果國稅系統不是反映為預繳，則有相應麻煩，可以溝通解決。
帳務處理：
A、當期補做漏稅收入，沖紅虛開發票業務；
B、當期補繳款項：借：應交稅金--應交增值稅-已交稅金 貸：銀行存款
C、當期申報後，增值稅明細項目自然沖抵。國稅系統扣款時自然沖抵“預繳”。