首先，稽查部門會下達稅務事項通知書，依法要求企業提供相關賬簿資料。聲明如果不能的法律後果。
1、賬目不全？在稅法概念中，賬目不全就是不能準確核算銷項稅和進項稅。根據《中華人民***和國稅收征收管理法》規定可以適用三十五條，根據壹定程序核定應納稅款。
2、丟失了？首先需要妳提供證據說明妳確實丟失了。然後可以根據二十四條進行處罰。壹樣可以進行外部調查，取得妳的應稅行為的證據進行征稅。沒證據證明妳確實丟失了？那就是拒絕檢查行為，根據七十條規定先處以5萬元以下罰款。然後進行外部調查，取得妳的應稅行為的證據進行征稅。
對企業違法《會計法》的這種行為，還會聯合相關部門聯合執法。根據規定對相關責任人和單位進行處分和罰金。構成犯罪移送處理。
根據情節，稅務部門可以行使自由裁量權了，對於查補的稅款不但加收滯納金，還可以進行處罰。情節嚴重的可以提請司法部門提前介入進行調查。構成犯罪的移送處理。