稅務機關查稅的基本程序是：
1、選案：根據案源信息篩選，決定是否立案
2、立案
3、檢查：結果制作《稅務稽查報告》。實施檢查之日起60日內完成，確需延長檢查時間的，應當經稽查局局長批準。 四、審理： 檢查完畢，檢查部門應當將《稅務稽查報告》、《稅務稽查工作底稿》及相關證據材料，在5個工作日內移交審理部門審理，並辦理交接手續。審理部門接到檢查部門移交的《稅務稽查報告》及有關資料後，應當在15日內提出審理意見。但下列時間不計算在內：
(壹)檢查人員補充調查的時間;
(二)向上級機關請示或者向相關部門征詢政策問題的時間。
案情復雜確需延長審理時限的，經稽查局局長批準，可以適當延長。
法律依據：《刑事訴訟法》第154條規定：對犯罪嫌疑人逮捕後的偵查羈押期限不得超過兩個月。案情復雜、期限屆滿不能終結的，可經上級人民檢察院批準延長壹個月。