《國家稅務總局關於印發〈稅務機關代開增值稅專用發票管理辦法(試行)〉的通知》(國稅發〔2004〕153號)第十二條規定，代開專用發票遇有填寫錯誤、銷貨退回或銷售折讓等情形的，按照專用發票有關規定處理。
稅務機關代開專用發票時填寫有誤的，應及時在防偽稅控代開票系統中作廢，重新開具。代開專用發票後發生退票的，稅務機關應按照增值稅壹般納稅人作廢或開具負數專用發票的有關規定進行處理。對需要重新開票的，稅務機關應同時進行新開票稅額與原開票稅額的清算，多退少補;對無需重新開票的，按有關規定退還增值稅納稅人已繳的稅款或抵頂下期正常申報稅款。
因此，如果代開專票出現錯誤或者出現退貨等情形，納稅人可以申請作廢該專票，而且不會因此多繳稅款。
月銷售額不足三萬元免稅的小規模納稅人因代開增值稅專用發票(含貨物運輸業增值稅專用發票)已經繳納的稅款，在專用發票全部聯次追回或者按規定開具紅字專用發票後，可以向主管稅務機關申請退還。如果不能追回已開發票，不能享受免稅優惠。
發票管理辦法》第二十二條規定，開具發票應當按照規定的時限、順序、欄目，全部聯次壹次性如實開具，並加蓋發票專用章。因此，代開的增值稅專用發票上，應當加蓋銷售方發票專用章，無需加蓋稅務機關代開發票專用章。