稅務局主要檢查收入、成本費用和合同。
合同方面是查詢雙方簽訂的合同的具體內容，從企業的實際經營範圍和需求出發，檢查有無異常交易。
成本方面，主要是成本結轉與收入是否匹配，是否有多次結轉。
在收入方面，主要是檢查是否所有的賬戶都應入賬，特別是往來賬戶是否還存在，應確認為收入而未入賬。