1、法律責任：根據相關法律法規，納稅人有義務積極回應稅務機關的協查函。選擇不回復或故意拒絕提供相應的信息，會面臨罰款、滯納金甚至刑事處罰等法律後果。
2、不利的稅務處理：稅務機關會基於不回復的情況，對納稅申報進行估算、重新調整或進行稅務復議。這導致被要求支付更高的稅款或承擔其他相關的稅務責任。
3、不良信用記錄：未回復稅務機關的協查函會影響信用記錄和商業聲譽。這會對貸款、借款、辦理證照等方面產生負面影響。