1、權力大小不同：財政局負責管理使用資金，稅務局負責將稅征收到位並入國庫。所以財政局權力相對來說比稅務局權力更大。
2、發展前途不同：財政局屬於地方管理部門，與地方交流多，所以人脈資源相對豐富，但稅務局屬於垂直管理部門，人、財、務管理權限不在當地，與機關事業單位打交道不多，相對封閉，基本上只能在稅務系統內部晉升。
3、福利待遇不同：稅務局是垂直管理部門，福利待遇由上級稅務部門進行核定。財政局屬於地方政府管理部門，福利待遇由當地進行核定。如果在經濟發達的地區，財政局和稅務局的福利待遇相差不大，但如果在經濟發展不好的地方，稅務局的福利待遇比財政局好。