1、含義不同：派出機構是指作為某壹級人民政府職能工作部門的行政機關根據實際需要針對某項特定行政事務而設置的工作機構。直屬機構是政府直接領導下主辦各項專門業務的機構，地位低於政府內的各局、委。
2、管轄權不同：派出機構的人事和經費由派出機關掌管，具有行政主體資格。直屬機構具有獨立職權和專門職責，在主管事項的範圍內對外發布命令和指示。