1、自行申報；
2、稅務部門實地核查；
3、根據開票數推算；
4、根據進出貨數量核查；
5、根據交易數據推算。
如果是個體經營，營業大的話會讓建賬本，開銷之外的都是營利，就是收入，就要繳稅。如果是企業事業黨政機關的話，財政發工資時，超過標準就直接扣稅了。
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第二十壹條
稅務機關是發票的主管機關，負責發票印制、領購、開具、取得、保管、繳銷的管理和監督。
單位、個人在購銷商品、提供或者接受經營服務以及從事其他經營活動中，應當按照規定開具、使用、取得發票。
發票的管理辦法由國務院規定。第十九條
納稅人、扣繳義務人按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置帳簿，根據合法、有效憑證記帳，進行核算。