然而，稅務部門在稅務稽查過程中需要遵守法律法規的規定，包括關於隱私保護的法律法規。根據《中華人民***和國稅務征收管理法》，稅務機關及其工作人員應當保守納稅人的商業秘密和個人隱私，不得泄露、出售或者非法獲取、使用納稅人的商業秘密和個人隱私。同時，根據《稅務行政處罰法》，稅務部門在進行稅務稽查時，需要按照程序進行，依法取得相應的執法權限，並且需要有合法的執法依據。
因此，在實踐中，稅務部門在開展稅務稽查時，並非隨意獲取企業的電子憑證，而是需要依法、按規定和程序進行操作。企業的電子憑證壹般需要經過稅務部門的合法請求或法律程序，才能進行查看或拷取。
綜上所述，稅務雙隨機自查可以獲取企業的電子憑證，但需要依法進行操作，並遵守相關的法律法規，保護納稅人的商業秘密和個人隱私。如果您有具體的情況需要咨詢，建議您與當地稅務部門進行溝通與確認。