農產品差額扣除的納稅人，電子稅務局的銷售發票需要勾選，稅務數字賬戶支持抵扣勾選的農產品憑證類型目前包括農產品收購發票、農產品銷售發票、3%征收率的農產品專用發票、9%稅率的農產品專用發票、海關進口增值稅專用繳款書。
確認農產品收購發票的具體操作步驟是：首先通過稅務數字賬戶，點擊發票勾選確認，選擇抵扣類勾選進入系統，其次，進入系統後選擇待處理農產品發票，最後錄入紅字必填項，點擊查詢後，系統將帶出需要勾選確認的農產品發票信息，可根據實際情況，進行勾選確認後提交即可完成。