①性質不同。稅務行政復議是行政機關的行政活動，稅務行政訴訟是司法機關的司法活動。
②轄區不同。稅務行政復議原則上由上壹級稅務機關或者同級人民政府管轄；稅務行政訴訟由人民法院管轄。
③不同的審判方式和程序。人民法院審理稅務行政案件實行合議、回避、公開審理、二審終審和辯論制度；但稅務復議機關審查稅務復議案件以書面審查為原則(必要時才采用其他方式)，實行壹級復議制。
④效果不同。人民法院對稅務行政案件的判決、裁定是終局的，當事人不服判決、裁定只能上訴，上訴不影響法院裁定的執行；稅務行政復議則不同。除國務院作出的裁決外，其他復議機關作出的稅務行政復議決定不是終局的。申請人對復議決定不服的，可以向人民法院提起訴訟。