如果稅務自查階段發現了涉稅問題，企業根據稅務機關審核的補稅表去繳納稅款及滯納金，通常不涉及罰款。如果沒有問題，稅務壹般都有可能親自來查了，這個時候被查出問題，就需要交罰款了。
稅務自查是督導納稅人自查自糾稅收違法行為的有效方式，通過組織納稅人自查，督促、引導納稅人自查糾正已經發生的稅收違法行為，依法給予“改過”機會，可以讓納稅人感覺到稅務機關對其基本權利的尊重，鼓勵納稅人認真開展自查並積極繳納稅款。