1.信息中心
承擔本系統信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本系統技術基礎設施建設管理與運維；組織本系統信息安全管理與實施；組織落實稅收管理信息化建設規劃、方案、制度；組織實施本系統信息技術體系建設和監督、驗收；承擔稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等方面的管理工作；承擔稅收管理信息化制度建設和監督檢查。
2.機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施和監督檢查；參與機關後勤體制改革工作；指導本系統後勤服務工作。
3. 註冊稅務師管理中心
組織落實註冊稅務師行業管理政策及管理制度，承擔行業執業資格、資質審核認定及考試、培訓工作；監督、檢查行業執業情況。
4. 集中采購中心
組織落實政府采購規章制度，擬訂具體實施辦法和操作規程；擬訂年度采購計劃，辦理具體采購事項；規範本系統政府采購業務管理，防範和化解采購風險。
5.北京市稅務幹部學校
承擔稅務系統教育培訓的實施工作。
6、培訓中心
負責北京市國稅系統各類培訓、會議的組織和服務等工作