1.部分代理記賬機構未與委托單位簽訂正式代理合同。由於缺乏對雙方權利義務的明確規定，在實際工作中遇到分歧時往往無法分清責任。因此，企業在選擇代理機構時應更加謹慎。
2.個體“代理記賬公司”不具備代理記賬資格(代理記賬許可證、會計從業證等。)經市財政局批準。如果存在問題，可以免除責任，損害委托單位利益。小企業在選擇代理服務公司時更要註意。
3.財務軟件需要在財政局備案。部分代理記賬機構未使用財政部認可的財務軟件代替手工記賬。
4.會計資料交接麻煩，不規範。代理記賬機構在接受委托單位的會計資料和原始憑證時，如不辦理交接手續，可能會丟失或損毀而無法找到。
5.代理記賬公司通常可以提供定期或不定期的上門服務，日常業務可以電話溝通。會計單位也可以隨時辦理和咨詢業務。
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