但是，關於持有或從二級市場購買的國債在到期前轉讓時，計入轉讓收入的持有期間未支付利息收入是否免征企業所得稅的問題，《國家稅務總局關於企業國債投資業務企業所得稅處理的公告》(國家稅務總局公告2011第36號)明確規定:
按照本公告第壹條第(二)項計算的債務利息收入，由企業在到期前轉讓或者向非發行人購買的，免征企業所得稅。公告第壹條第(二)項是指相關企業在到期前轉讓或向非發行人購買的政府債券持有期間未償還債務利息收入的確認，按照以下公式計算確定:債務利息收入=政府債券金額×(適用年利率÷365)×持有天數。
也就是說，企業投資者持有國債期間的應計利息收入享受免稅待遇。從而消除了企業投資者在持有國債期間轉讓國債取得的收入中，未兌付債券到期應計利息收入能否視為免稅收入的爭議。