1、退稅的不同計算基礎
生產企業應先采購原材料或半成品，經過壹系列加工，形成適銷對路的產品。在現實生活中，稅務機關很難對國內外原材料的銷售比例進行核算，因此計算時以含成本價和毛利之和的完稅價格為基礎。
外貿企業的主營業務是購買產品進行直接出口，稅務機關很容易區分國內外銷售的比例，所以只以貨物的進項價格作為計算依據。由於基地規模不同，兩家企業的進項稅轉出金額不同，即生產企業出口同壹產品的出口退稅金額將低於外貿企業的出口退稅金額。
2、進口材料加工退稅差額
在飼料加工模式下，生產企業也采取“不賒銷、不退款”的方式。生產企業加工後從國外進口原材料出口的，其進項稅轉出額為出口產品價格減去進口材料價格乘以征退稅率的差額。對外貿企業來說，由於進口材料加工與壹般貿易出口沒有區別，退稅額等於國內采購材料價格加上加工費乘以出口退稅率。
3、不同的退稅計算方法
生產企業出口貨物增值稅“免、抵、退”的計稅依據和計算方法，外貿企業采用“先征後退”的計算方法。出口貨物的進貨，應當先收匯。出口後，以增值稅專用發票上的金額作為退稅申報的依據。計算所得稅與退稅的差額計入成本。
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