早在1862年，東海關曾在威海衛設立常關(鈔關)，負責威海衛港出入帆船的稅務，1898年5月24日威海衛被英國租借，威海衛常關歸英國管轄。1930年9月20日，南京國民政府收回威海衛並再次設東海關威海衛分關，1945年8月威海解放，設解放區威海海關。1946年，歸屬煙臺東海關稱東海關威海分關。1947年9月，國民黨軍隊大舉進攻膠東，為便於戰爭中開展對敵人的經濟鬥爭，膠東民主政府決定威海分關脫離東海關，獨立為威海海關。10月13日，全體人員遷到威海市郊辦公。11月威海海關同銀行、鹽務、貿易部門合編成威海經濟工作隊，開展對敵經濟鬥爭。1948年2月，威海解放，威海經濟工作隊解散，人民威海海關重新開關對外辦公。1949年1月，煙臺進出口管理局將威海海關改為分關，又歸屬東海關領導。1949年10月22日，膠東民主政府將威海分關改為海關事務所。1950年5月8日，山東人民政府將威海海關事務所改為支關，歸煙臺海關領導。1951年1月3日，威海支關因威海港改為非對外貿易口岸而閉關。1985年2月12日經國務院批準又設立威海海關，隸屬青島海關，並於1987年5月11日正式開關對外辦公。