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根據《國家稅務總局關於取消和下放企業所得稅審批項目後續管理工作的通知》(國稅發〔2004〕82號)，取消企業所得稅虧損彌補審核項目的，納稅人在辦理企業所得稅納稅申報(包括預繳申報和年度申報)時，可以自行計算彌補符合條件的以前年度虧損。
因此，本案中，主管稅務機關認定的上壹年度虧損金額應自行從當年應納稅所得額中扣除，以扣除後的余額計算繳納企業所得稅。彌補虧損，不再需要報主管稅務機關審核。
此外，根據稅法規定，納稅人發生的年度虧損可以用下壹納稅年度的所得彌補；下壹納稅年度的所得不足彌補的，可以逐年彌補，但彌補的期限最長不得超過五年。