以下處理方法僅供參考:
壹、帳務處理：在應交稅金科目下設“待抵扣進項稅額”二級科目。進項稅額部分的處理為認證的當月：借：應交稅金-待抵扣進項稅額 貸：銀行存款；次月稅務總局比對結果下發後，比對無誤進項發票可以抵扣，抵扣時：借：應交稅金-應交增值稅（進項稅額） 貸：應交稅金-待抵扣進項稅額 。
二、申報表的填制（附表二）填寫：對於等待比對結果的進行稅額部分,計入“待抵扣進項稅額”，並在增值稅申報表附表二第24欄“本期認證相符但未申報抵扣”內填寫此行內容；
收到允許抵扣的比對結果後，在增值稅申報表附表二第3欄“前期認證相符且本期申報抵扣”內填寫此內容；
23行“期初已認證相符但未申報抵扣”欄填寫上月25行“期末已認證相符但未申報抵扣”欄數額；
相關行次的關系23行+24行-25行=3行。
三、增值稅發票的月用量為25份，且只能是千元版（即每張票價款最多開具9999.99元）。如果核定的25份不夠用，申請增票時，要用當期已開具的增值稅發票的收入合計數依4%的征收率預征增值稅。