1、經營能力不同
分公司設立的目的主要是為了擴大總公司的經營規模，因此依法設立拿到營業執照的分公司，有經營資格、訴訟資格，也具備獨立締約的能力。
辦事處壹般是為方便業務往來而在總公司異地所設立的臨時辦公場所，無需辦理工商稅務登記，可以從事銷售協調工作，但不能直接從事經營活動。
2、稅收待遇不同
分公司有經營活動，那麽分公司應該就地分攤繳納企業所得稅，也應該按照增值稅、營業稅的相關規定，繳納經營產生的流轉稅，壹般是單獨繳納或匯總到總公司壹起繳納。
辦事處沒有公司性質，沒有購銷行為就不存在納稅的問題，因而長期以來總是有不少運營不規範的公司利用辦事處從事經營活動，由總公司統壹開具發票降低整體稅負，這是有法律風險的。